Vedúci: RNDr. Fedor Čiampor, PhD. (konzultant Ing. Tomáš Čejka, PhD.)

DNA barkóding mäkkýšov Slovenska

DNA barcoding of mollusks of Slovakia

DNA barkóding je moderná molekulárna metóda, ktorá umožňuje presnú identifikáciu druhov na základe krátkych úsekov genetickej informácie. Diplomová práca sa zameriava na využitie DNA barkódingu pri určovaní druhov mäkkýšov Slovenska, pričom analyzuje mitochondriálny gén COI (cytochróm c oxidáza podjednotka I) ako štandardný genetický marker. V databázach referenčných DNA barkódov stále existujú medzery, ktoré komplikujú efektívne využívanie tohto moderného nástroja, dát o slovenskej faune je stále veľmi málo. Výsledky prinesú lepšiu reprezentáciu druhov mäkkýšov v referenčných knižniciach a nové poznatky o genetickej diverzite či potenciálnej kryptickej diverzite skúmaných taxónov, a prispievajú k lepšiemu poznaniu biodiverzity a ochrane mäkkýšov na Slovensku.

Ciele:
spracovanie vzoriek mäkkýšov vybraných skupín z terestrických aj akvatických biotopov
testovanie vhodných primerov pre amplifikáciu barkódingového markera
optimalizácia amplifikácie (PCR) barkódingových fragmentov z DNA mäkkýšov
sekvenovanie DNA barkódov pomocou MinION NGS sekvenátora
spracovanie a publikovanie DNA barkódov v medzinárodných databázach

Kľúčové slová: DNA barkóding, Mollusca, biodiverzita, ochrana, NGS, BOLD

Literatúra:

Bikashvili A, Kachlishvili N, Japoshvili B, Mumladze L (2022) Species diversity and DNA barcode library of freshwater Molluscs of South Caucasus. Biodiversity Data Journal 10: e84887. https://doi.org/10.3897/BDJ.10.e84887

Menabit, S., Begun, T., Teacă, A., Mureşan, M., Lavin, P., & Purcarea, C. (2022). DNA Barcoding and Distribution of Gastropods and Malacostracans in the Lower Danube Region. Diversity, 14(7), 533. https://doi.org/10.3390/d14070533

Schubert HC, Duda M, Eschner A, Weigand E, Kruckenhauser L. DNA barcoding as a tool to monitor the diversity of endangered spring snails in an Austrian National Park. Biodivers Data J. 2023 Jan 11;11:e91496. https://doi.org/d10.3897/BDJ.11.e91496

Pfenninger, M., Cordellier, M. & Streit, B. Comparing the efficacy of morphologic and DNA-based taxonomy in the freshwater gastropod genus Radix (Basommatophora, Pulmonata). BMC Evol Biol 6, 100 (2006). https://doi.org/10.1186/1471-2148-6-100

Weigand, H., Beermann, A.J., Čiampor, F., Costa, F.O., Csabai, Z., Duarte, S., Geiger, M.F., Grabowski, M., Rimet, F., Rulik, B., Strand, M., Szucsich, N., Weigand, A.M., Willassen, E., Wyler, S.A., Bouchez, A., Borja, A., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Ferreira, S., Dijkstra, K.-D.B., Eisendle, U., Freyhof, J., Gadawski, P., Graf, W., Haegerbaeumer, A., van der Hoorn, B.B., Japoshvili, B., Keresztes, L., Keskin, E., Leese, F., Macher, J.N., Mamos, T., Paz, G., Pešić, V., Pfannkuchen, D.M., Pfannkuchen, M.A., Price, B.W., Rinkevich, B., Teixeira, M.A.L., Várbíró, G., Ekrem, T., 2019. DNA barcode reference libraries for the monitoring of aquatic biota in Europe: Gap-analysis and recommendations for future work. Science of The Total Environment 678, 499–524. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.04.247